他为了死亡，选择了侦探之路……　　时为2030年代。　　集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。　　他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。　　某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。　　由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，　　期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。　　对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”……　　小林与花崎。他们的相遇，　　终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，　　并推动两人的命运……

美丽而又耀眼的——　　美少年侦探团，开幕！

一位拥有高学历的高材生，没有进入知名企业，却到国小做老师，而且还意外地加入了学校的话剧社，而这个平日里欢声笑语的话剧社却成了日后破案的关键。这个故事由一桩杀人案件引起，在不断查案的过程中，带出了暗藏背...

故事发生在庞大辉煌的CLAMP学院之中，作为学生会长，妹之山残（冈村明美配音）拥有着拥有着十分强烈的正义感，一直以来都热心坚定的帮助着遭遇到不幸的人们。不仅如此，身为女性主义者的他对于女性所承受的不公更是尤为上心。　　妹之山残的手下有两名得力干将，他们是出生于忍者世家的鹰村苏芳（新山志保配音）和拥有着双重身份的伊集院玲（南央美配音）。沉默内敛的苏芳文武双全，在心中默默许下了保护残的约定，而玲表面上看来不过是一介普通的小学生，真实身份却是大名鼎鼎的怪盗千面人。三人共同组成了名为“CLAMP学院侦探团”的团体，为了调查学院中的种种事件而做着不懈的努力。