激動の時代の中、それぞれが大切にするものを護ろうとした若者たちの相克（そうこく）と絆、宿命の戦いを描いた唐々煙氏の人気漫画『曇天に笑う』（マッグガーデン）。2014年にテレビアニメ化、俳優の福士蒼汰主演の実写映画公開も控える中、『曇天に笑う＜外伝＞』の物語が、全3部作の劇場アニメとして制作されることが発表された。前篇『曇天に笑う＜外伝＞～決別、犲の誓い～』の上映開始日は12月2日に決定した。

時は明治十一年。急速な欧米化に伴い、政府に不満を持つ人々が増え、監獄は囚人で埋まり、脱獄も後を絶たなかった。そこで政府は、滋賀県琵琶湖に重犯罪者専用の檻、日本最大・脱出不可能な湖の監獄、獄門処を設ける。その監獄への橋渡し人を請け負う曇家の三兄弟が織り成す大冒険活劇の幕が上がる……！