巨大彗星兵器ゲース・スターが地球に衝突するまであとわずか72時間と迫っていた。地球の危機を救うために残された唯一のカギは、伝説のケルベロスの復活のみ。そのためには、宇宙に散った３つの石“ケルベロスストーン”が必要だった。こうして宇宙を舞台にゲース・インダベーたちとの壮絶なケルベロスストーン争奪戦を繰り広げるキュウレンジャーだったが…。

時は遥か彼方の未来。88の星座系は、宇宙幕府ジャークマターに支配され、希望が失われていた。しかし、宇宙には一つの伝説が伝えられている。「宇宙が心無き者の手に陥り、人々が涙するとき、9人の究極の救世主が現れ、宇宙を救う」。その名は、宇宙戦隊キュウレンジャー。