東京奪還編、開戦。　　謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。　　日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。　　彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。　　そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。

21世纪已过半，世界各国都有英雄，各具特色且拥有超人般的力量。然而日本的英雄「SHY」却是个极度腼腆怕羞的人。虽然不善于面对众人、社会的眼光，但还是在苦恼之中努力解救需要帮助的人！