上古时代，为了应对大旱，中国古老的两个部落东夷和九黎，按照祭司的预言派人前往桃花坳寻找天降玄女。一对好友苏茉和芙儿从此背负不同命运，一个作为朱雀玄女要保护九黎百姓，另一个作为青龙玄女要带领东夷夺取上游...

本剧改编自作者横山光辉同名漫画，故事讲述当织田信长的天下统一大业近在眼前时，琵琶湖畔以南蔓延着一个名为《金目教》的诡异宗教。据说不信此教者会遭受可怕的诅咒——。为暗中调查《金目教》的真相，信长决定委托《假面忍者》出马……一名以忍者身份隐于暗处的青年（佐藤大树），最终化身为“假面忍者·赤影”。