因人体实验成为改造人类的キサラギ，正被一个组织追击。　　这个组织是企图征服被分割的“东京”的不死吸血鬼团体“不死骑士团”。　　发誓为死去的头目复仇的黑帮成员们也加入了追捕，形势升级为多方对抗。　　“原本没有理由活下去，但也没有理由被这些家伙杀掉──”　　运用改造过的身体中嵌入的各种武器和自己特殊的“血”，キサラギ地狱般的逃生大作战开始！！！

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女子高中生音无小夜（喜多村英梨配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。　　为了保护世界和所爱的人，小夜拿起了武器，在哈吉的帮助下开始了同翼手的战斗。

更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。

繁华都市的夜晚，人头攒动的电车内突现古物，血腥屠杀后古物带着真奈（桥本爱配音）逃跑，却被尾随而来的冷酷少女更衣小夜（水树奈奈配音）斩杀。在此之后，两名少女连同另一组人马遭到“塔”的追击。以此为契机，小夜结识了殡藏人（神谷浩史配音）、指挥官矢薙春乃（甲斐田裕子配音）、松尾伊织（中村悠一配音）、藤村骏（梶裕贵配音）、月山比吕（花泽香菜配音）等通过互联网走到一起的年轻人秘密组织Sirrut，他们的共同目标便是终结七原文人（野岛健儿配音）的野心。陌生的搭档以及狡猾的对手，小夜的前路充满凶险……　　本片为同名动画的剧场版。

故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……