主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。

山田西南是个从出生以来就深受不幸之星眷顾的少年,他所在之处不仅是他会倒霉,连其他人也会跟着一起倒霉。有一天,在经过学长正木天地家的时候,照例卷入一次意外,到了最后……竟然进入宇宙。

于未来的某个时间和地方,人气歌唱组合双翼(ZweiWing)举行了风靡万千歌迷的演唱会,岂料演唱第一首歌曲以后,会场就突然被大量谜之敌人Noise攻击.双翼的成员风鸣翼和天羽奏等不及总部发出命令,果断地展现出她们最根本的SYMPHOCAL战斗形态……其中一名歌迷立花响见证整件事的发生,亦因此牵连在内,成就了两年后完全不同的她……