少女福尔摩斯的四位好姐妹夏洛克•雪莉福德（三森すずこ配音）、让崎妮洛（德井青空配音）、艾露克露•伯顿（佐佐木未来配音）、柯蒂妮娅•格拉卡（橘田いずみ配音）结伴来到某个著名的温泉乡度假。谁知好景不长，温泉旅馆的警报突然响起，原来怪盗帝国看中了旅馆内的宝石，要将其据为己有。与此同时，明智小衣（南条爱乃配音）率领的G4也卷入这场宝石争夺战中来。战况扑朔迷离，最终的胜家究竟是谁？　　本片根据同名电子游戏改编。

銀河道路交通法違反で逮捕された強化人間のチハルとサイボーグのマキナ。同じタイミングで警察に捕まった、強化人間のアカネとカナタ、サイボーグのカートとマックスらクセのあるコンビを集め、警察官・リョーコが全員に課したのは、奉仕活動として惑星間走行列車・通称”ミルキー☆サブウェイ”の清掃をすること。簡単な任務だったはずが、突如暴走し始める”ミルキー☆サブウェイ”！車内で慌てふためくメンバーたち。リョーコも同僚のアサミとともに解決に向けてあれこれするが、やがて一行は大事件に巻き込まれていくことに……！